外科手術治療的成敗和手術中的無菌操作有密切關係。正確掌握無菌技術是預防切口感染，保證病人安全的關鍵。
在手術過程中，雖然器械和物品都已滅菌、消毒，手術人員也已洗手、消毒，穿戴無菌手術衣和手套，手術區又已消毒和鋪無菌布單，為手術提供了一個無菌操作環境。但是，還需要一定的無菌操作規則來保證已滅菌和消毒的物品或手術區域免受污染，手術進行中的無菌原則包括：
1．手術人員穿無菌手術衣后應避免受到污染，手術衣的無菌範圍是腋前線頸部以下至腰部及手部至肘關節以上5cm。手術台邊緣以下的布單均屬有菌區域，不可用手接觸。 手術人員在穿好手術衣后，前臂不應下垂，應保持在腰平面以上。雙手不應接近面部或交叉及放於腋下，應肘部內收，靠近身體。手術人員倚牆而立或靠坐在未經滅菌的地方，均是違反無菌原則的。
2．減少空氣污染、保持空氣凈化效果。手術室門窗應關閉，人員盡量減少在手術間內走動，避免引起陣風。手術進行中應保持肅靜，避免不必要的談話。咳嗽、打噴嚏時應將頭轉離無菌區，避免飛沫污染。
3．非洗手人員不可接觸已消毒滅菌的物品。
4．洗手人員面對面，面向消毒的手術區域，只能接觸已消毒的物品。
5．如懷疑消毒物品受到污染應重新消毒后再使用。
6．無菌布單如已被浸濕，應及時更換或蓋上新的布單，否則可將細菌從有菌區域帶到消毒物的表面。
7．不可在手術人員背後傳遞器械及手術用品，手術人員也不要伸手自取。墜落到手術台平面以下器械物品不準撿回再用。
8．手術過程中術者出汗較多時，應將頭偏向於一側，由其他人代為擦去，以免汗液落於手術區內。
9．接觸無菌區時，必須經過手臂滅菌、穿無菌衣及戴無菌手套。巡迴護士取用無菌物品要用無菌持物鉗夾取，並應與無菌物、無菌區保持一定的距離(約35cm)，避免衣袖、衣服接觸無菌物及跨越無菌區，傾倒溶液時只許瓶口進入無菌區的邊緣。
10．如手套破損或接觸到有菌的地方，應另換無菌手套。前臂或肘部碰觸有菌地方，應更換無菌手術衣或加套無菌袖套，污染範圍極小的也可貼上無菌膠膜。
11．在手術過程中如因手術需要移動，應面向無菌區。與另一手術人員換位時，應先退後一步，轉過身，背對背地轉到另一位置上。在經過穿手術衣人員面前時，應互相讓開，以免碰撞污染。
12．作皮膚切口及縫合皮膚之前，需消毒皮膚。切開空腔臟器之前，應先用紗布墊保護周圍組織，以防止或減少污染。
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